Os seres humanos têm sido parte integrante do Grande Ecossistema da Gorongosa desde há milénios, como caçadores e recolectores, camponeses e pescadores. Na primeira parte do século XX, actividades humanas de grande escala e com maior intensidade, incluindo o cultivo de algodão, o corte de madeira e a limpeza de terras para agricultura tiveram um grande impacto.
Muito recentemente, durante a guerra civil em Moçambique, os soldados de ambos os lados beligerantes reduziram a população de muitos mamíferos de grande porte em mais de 95%, provocando um enorme impacto em todo o sistema. Com poucos “grandes pastores” como os elefantes e os búfalos, por exemplo, grande parte do vale está agora preenchido com capim forte e alto que outros herbívoros não conseguem comer, e o fogo posto pelos camponeses durante a estação seca cada vez queima mais longamente e produz mais calor.
Actualmente, cerca de 250.000 pessoas vivem em pequenas comunidades espalhadas ao longo da zona de captação de água do lago Urema. Cerca de 25.000 vivem ao longo das fronteiras do Parque; 15.000 vivem dentro do Parque, em povoações ao longo da base oriental da Serra da Gorongosa e na fronteira Leste do Parque. Aquela crescente presença humana por si só coloca pressão no ecossistema, com muitas famílias a limpar e a capinar pequenas porções da terra, que abandonam logo que os solos se tornam improdutivos.
Fora do Parque, o corte de madeira para exportar; a produção de carvão para cozinhar e aquecer as casas nas cidades Moçambicanas; e o gás natural e o desenvolvimento mineiro representam outras grandes ameaças.
Dentro do Parque, a caça furtiva continua a ser uma grande preocupação, mas graças ao controlo cada vez mais crescente e aos programas de educação da comunidade local, muitas populações de mamíferos de grande porte estão a ressurgir desde que a guerra civil findou em 1992.